光绪二十四年(1898)戊戌政变后，光绪被囚，六君子被杀，慈禧再度听政，鸿章于二十五年巳亥十一月十七日(1899,12,19)奉旨出任两广，此时康梁保皇党在南方活跃，革命势力也不断增长，第二年庚子(1900)，光绪帝三十万寿，他虽煞被幽禁瀛台，但帝号未废，因而庆贺之典仍是照常进行，慈禧对四朝元老李鸿章又特别破格赏赐＂方龙补服＂，原来清代官服以前后补子图案区别位阶，文官以鸟类，武官以兽类，一品补服文官为仙鹤，一品武官为麒麟，各级王公都是圆形的龙或蠎，而特赐鸿章的是方形的行龙补服，是大清祖制上没有的，当然无非是表示特恩而已。
当时在京城里一班无知的王公大臣端王戴漪及刚毅赵舒翘等推波助澜，专断孤行的慈禧以为义和团的扶清灭洋可以利用，下昭宣战，和洋鬼子真干了起来，围攻使馆。于是各国联合起来，连陷津沽，进迫北京，慈禧慌忙挟了光绪出京，留下一塌糊涂的局面，无人收拾，于是又想起了李鸿章，自西安电令他迅速赴京，仍叫也做直隶总督兼北洋大臣。
老谋深算的李鸿章自然对北方的形势及外人的要求了如指掌，他已预料最后的交涉谈判又将落入他的肩上，心情十分沉重，因此他于六月二十五日(7,21)到达上海，就停止北上，观望各国动静。当时国际对华形势错综复杂，其中最重要是，英俄的明争暗斗，法附俄而日附英，此时两江的刘坤一及湖广的张之洞联名通电＂东南自保＂反对联俄。英日又以港督卜力出面透过何启等人传信给鸿章，甚至拉拢在日本的中
鸿章此时以＂冒暑腹疾＂为由一再拖延北上，及奉旨催促，且有：＂此行不特安危系之，抑且存亡系之，旋干转，匪异人任，勉为其难，所厚望焉。＂经过一个多月的思考，最后决心北上，仍奏请加派庆王奕劻为全权大臣，于八月二十六日(9,19)乘轮到津，闰八月十八日(10,11)到京见到庆王，请了一个安说：＂一年多了，今天才见到王爷，不意时局如此，这回总求王爷作主。＂奕劻也回了一个抱揖说：＂好说，好说，时局危急，我们遵着旨意共同参酌着办理，中堂望崇识广，凡事还得靠中堂折冲衡量的。＂说到此，大家唏嚧不已。
这时的北京城在八国联军司令德瓦西的统率下，联军到处搜杀义和团及同情义和团的百姓，即使士绅人家也不能避免，许多京官被联军发现，强迫他们穿着官服抬死尸，扫街，拉车，饲马，任意羞辱再枪杀，至于抢掠奸淫更不胜数，其暴行磬竹难书。
经过若干时日的交涉，到十月底，由各国京公使会议，提出和议大纲十二条，由庆王电西安请示，此时鸿章已劳累之极生起病来。条约大致除惩辨祸首外，总赔偿金额达四亿五千万两，分三十九年还清，周息四厘，此外派醇王戴澧及那桐赴德，日谢罪，扩大东交民巷使馆界，拆毁大沽炮台及允许京津沿路驻兵等等，这就辛丑条约的大概。于辛丑年七月二十五日(1901,9,7)签字画押。
下一步就是撤兵和慈禧光绪还京问题，各国都答应。只俄国附加提出的东三省担保条件十二款最为恶毒，除拒绝交还东三省外，另有如东北及蒙古的陆海军只能由俄国训练，由西北利亚筑一支铁路直达北京等等一系列条款，迫得鸿章焦硕烂额，大清驻俄公使杨儒受到俄外交大臣及财务大臣刁难和威吓，电告庆王和鸿章暗示运用各国压力拒绝，鸿章把此条款交各国传阅，各国都相继警告，不得签约，张之洞，刘坤一也致电力争，清廷权衡利害，命庆王及鸿章分别通告各国，不予签约，另命驻俄公使杨儒向俄提出改约，杨儒竟被俄人从楼上踢下致死，其子见父惨死，愤而自缢身亡，真是到了忍无可忍的地步。
鸿章心中十分愧疚，不得不再度与俄使重开谈判，俄方仍想采用曚蔽手段，用华俄道胜银行出面与中国订约，鸿章在病榻上对俄方代表说：＂这协议无异把整个满洲都交给银行了，我怎有胆量负这个责任？＂到九月二十五日夜(11,5)，呕血数升，是时正巧德国兵营炸药突然爆炸，震得窗户玻璃尽碎，重病老人经不起吓，昏厥过去，终以不起。直隶布政使周馥闻讯赶到，哭道：＂我还有事没有禀告，中堂竟过去了。＂这时鸿章已咽气，忽然双眼睁的大大的，在旁众人见状大惊，都责周冒失，周馥慌忙说：＂我刚才从德国兵营德瓦西那里来，他对我说，和议决无问题，两宫回銮也无问题，中堂安心去吧。＂边说着鸿章的眼睛也慢慢地合上了。其实周馥是句谎言，和议中还有很多具体问题未决，俄方代表还在坐等鸿章回答呢。
鸿章死讯传到西安，慈禧为之一震，急命跟随在西安的军机大臣王文韶继鸿章为全权代表，赶回京来继续与各国谈判，念到鸿章保全国家政权之功，特旨赠太傅，封一等侯爵，谥文忠，在北京建专祠，以彰忠荩。李鸿章少年科第，壮年戎马，中年封疆，晚年洋务，死后风光已极，确是清末的内政外交重要人物，清史说鸿章：＂独主国事数十年，内政外交常以一身当其冲，国家倚重轻，名满全球，中外景仰，近世所未有也，生平以天下为己任，忍辱负重，庶不愧社稷之臣。＂他一生功过，评论很多，但处于十九世纪末，资本主义已发展到帝国主义的年代，加以国内顽固势力的阻碍，鸿章等人终究无法支撑这座老朽的大厦。接任直隶总督兼北洋大臣是被称为窃国大盗的袁世凯，袁是铁板钉钉，盖棺论定的国家罪人了。（作者沈吕宁）
中年李鸿章
老年李鸿章
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